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continue用法
Atoms61软件使用指南
(以金红石的晶体结构绘图为例)
金红石(Rutile)的晶体结构数据
P 42/m n m(136)  4.5941(1) 4.5941(1) 2.9589(1)  Z=2
Ti:  2a    (0, 0, 0)
O:  4f  (0.3057(7), 0.3057(7), 0)
一、数据输入
1. 程序运行主界面

2. 点击《New》进入选择晶系、输入轴长界面

3. 点击《OK》---《Continue》---《space group from table》---《OK》进入空间群选择界面

4. 点击《OK》---《Continue》---《Default unit cell》---《OK》 进入选择显示晶胞范围界面

5. 点击《OK》---《Continue》---《OK》---《Continue》输入原子坐标

【注】:
(1) Type栏目输入元素的原子序数,该数字在“化学键”、“配位多面体”作图过程中会经常用到;
(2) 原子半径栏目,一般地阴离子稍大,阳离子稍小;
(3) 颜色选择时,一般阳离子选择彩色,阳离子选择蓝色。

6.原子输入完成后,点击《OK》--《Abort》--《continue》--《Abort》进入输入文件名界面
7. 点击后,即显示晶体结构绘图界面


二、图像的修饰及多种其他功能介绍
1. 3D模式显示:
左侧的图像显示模式处,下拉改为“3D”

2. Input1主要功能介绍

3. Input2主要功能介绍

4. 连接化学键(相邻阴阳离子以棒状相连接)
《Input1》--《Bonds》--《Add Bonds》进入化学键连接条件给定界面


5. 改变背景颜色
《Input2》--《Background color》 把背景改变为白色

6. 显示晶胞  《Input2》--《Unit cell》


7. 画配位多面体
观察上图中,每个钛的周围有6个氧,所以结构的主要配位多面体是[TiO6]配位多面体,现在在途中把[TiO6]配位多面体画出来。
《Input1》--《polydydra》--《Add Polyhedra》



8. 使配位多面体透明
《Input1》--《polydydra》,点击《3D Paremeters》,显示新菜单,选项含有如下
Completely opaque 完全不透明
Skeletal—no bonds 骨架显示,无化学键
Skeletal—with bods 骨架显示,带化学键
Translucent—no bonds 半透明,无化学键
Tarnslucent—with bonds 半透明,带化学键


9. 配位多面体附带上配位的角顶离子《Input1》--《polydydra》


10. 改变图像显示范围  《Input1》--《Boundary》


三、atoms晶体结构绘图软件与ICSD无机晶体结构数据库的联合使用
1. 在ICSD数据库找到目的晶体结构数据,并在前面打钩
2. 《File》--《Export Checked Long View》
给定文件名称,并把保村类型下拉改为*.cif  (cif为晶体结构标准文件的文件扩展名)


3. 打开atoms软件,选择《import》找到刚才保存的文件,即可得到前述《数据输入》的结果,再进行图像修饰等操作即可。

【注】:若显示为“3D”模式时,图形如下图所示,即表示在数据库文件中,每个原子具有各向异性X射线衍射因子
消除各向异性因子方法:
(1) 改为“Standard”显示模式
(2) 《Input1》--《atoms》--《Temperature Factors》删除各向异性因子。

(3) 《OK》--《File》--《Save》
(4) 重新打开该文件即可。


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